~習慣性流産・不育症の原因としていくつかの要因が明らかとなっています。しかし、まだ解明されていない部分も少なくありません。厚生労働研究班による不育症のリスク因子別頻度を示します。これは研究班により集計した日本のデータです。子宮の形が悪い子宮形態異常が7.8％、甲状腺の異常が6.8％、両親のどちらかの染色体異常が4.6％、抗リン脂質抗体症候群が10.2％、凝固因子異常として第XII因子欠乏症が7.2％、プロテインS欠乏症が7.4％あります。
子宮異常：先天性の子宮奇形・子宮筋腫・子宮腔内癒着症などが知られています。また、頸管無力症は自覚症状がないまま子宮口が開大し流産・早産へと進行します。
自己免疫異常：抗リン脂質抗体という一種の自己抗体が流産の発症に関係していることが明らかとなっています。抗リン脂質抗体が血管の壁や血小板を阻害し、血栓（血管がつまる状態）をつくり、それが胎盤循環不全の原因となり、習慣流産、胎児の発育が遅れるということが起こります。
黄体機能不全：高プロラクチン血症、甲状腺機能異常、糖尿病などが関連していると報告されています。
染色体異常： カップルのいずれかまたは双方に異常がみられます。染色体の一部が入れ替わるなどの相互転座・ロバートソン転座が多く、受精卵に異常が生じてしまいます。
原因不明：その他の習慣性流産・不育症の原因として、同種免疫異常、血液不適合、感染症、環境因子などが考えられていますが、習慣流産の５０％は今日でも原因がわからず、現在も研究が進められています。